Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2
Desarrollado por el Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2.
Financiado, a tráves del subsidio FONARSEC IP COVID-19 N° 247, por la Agencia Nacional de la Promoción de la
Investigación, el Desarrollo Tecnológico y la Innovación del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación, Argentina.
Reporte 2. Análisis de 57 secuencias de SARS-CoV-2 obtenidas de pacientes con COVID-19 de Argentina entre marzo y abril de 2020 en la Patagonia.
En base al muestreo realizado en el proyecto hasta julio de 2020.
Reporte 1. Las secuencias y coordenadas geográficas fueron obtenidas a partir de la metadata disponible en la base de datos GISAID a la fecha 12 de Junio, 2020. El árbol filogenético fue creado con IQtree e integrado con el mapa a partir la librería de R, phytools. Cada secuencia está conectada por una línea coloreada con su país de procedencia (Referencia, cuadro izquierdo Mapa). Se analizó el linaje de las secuencias utilizando el programa Pangolin y se las coloreó sobre las ramas del árbol filogenético (Referencia, cuadro derecho Linajes).
Recolección
Colaboramos con Centros de Salud públicos y privados de toda Argentina para recolectar muestras biológicas de pacientes infectados
Secuenciación
Secuenciamos las muestras biológicas con equipos NGS (Next Generation Sequencing) propios, con tecnología Illumina y Oxford Nanopores
Procesamiento
Desarrollamos protocolos bioinformáticos para procesar y obtener la secuencia de las cepas circulantes en Argentina
Análisis
Con estas muestras realizamos análisis filogenéticos, filogeográficos y de asociación clínico-epidemiológicos
Integración
Con un enfoque integral, logramos obtener conclusiones de los diversos análisis realizados
Vinculación
Este conocimiento enriquece la comunidad científica y médica, y es aplicado a la sociedad en la lucha contra la pandemia de Covid-19
Objetivo del proyecto
Como objetivo general proponemos analizar la trayectoria evolutiva de las cepas del SARS-CoV-2 que circulan en Argentina para estudiar su origen y dispersión en el país, en el contexto de las cepas mundiales, como así también analizar las mutaciones que pudieran afectar el diagnóstico, la transmisión y la virulencia del virus.
Para ello realizaremos un muestreo en todo el país de aproximadamente 1000 genomas de SARS-CoV-2. Las muestras obtenidas serán secuenciadas por NGS para obtener sus secuencias genómicas, y así caracterizarlas y analizarlas desde varios enfoques.
