Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV2

Constituido en el marco del Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2 (PAIS)

Composición del Consorcio

Nodo Central

Nodos de toma y procesamiento de muestras y aporte a los datos clínico-epidemiológicos

Nodos de Secuenciación genómica de muestras por NGS

Nodos de procesamiento bioinformático

Grupo de análisis de evolución molecular

Grupo de médicos epidemiólogos

Nodo Central

Corresponde al grupo de investigación del Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez (HNRG), dirigido por la Dra. Mariana Viegas, Investigador Responsable del proyecto. Es el encargado del diseño experimental y conceptual del proyecto y de coordinación del consorcio

Equipo de trabajo: Mariana Viegas (Investigadora Responsable del proyecto); Laura Valinotto; Mercedes Nabaes; Stephanie Goya; Mónica Natale; Silvina Lusso.

Nodos de toma y procesamiento de muestras y aporte a los datos clínico-epidemiológicos

Los Nodos correspondientes a centros de Salud que hacen el diagnóstico de COVID-19 y aportan las muestras de los casos positivos, así como de algunos, los datos clínico-epidemiológicos. Nuestro agradecimiento infinito por su participación en este proyecto ya que sin ellos P.A.I.S. no existiría.

Centros de salud

  1. Laboratorio de Virología, Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez (CABA): Alicia Mistchenko; Erica Grandis; María Cristina Alvarez López; María Elina Acevedo; Oscar Jacquez; Sofía Alexay; Mariángeles Barreda Fink; María Emilia Villegas; Raquel Barquez; Estela Chascón; Jorgelina Caruso; Mariana Campal; Karina Zacarías; Cristian Díaz; Oscar Luna; Cristian Turchiaro; Julián Cipelli; Guillermo Thomas; Carla Medina; Natalia Labarta.
  2. Laboratorio de Inmunología y Virología Clínica, Departamento de Bioquímica Clínica, FFyB y Hospital de Clínicas, "José de San Martín", Universidad de Buenos Aires (CABA): Marcelo Rodríguez Fermepin, Dra. Maria Lucia Gallo Vaulet, Analia Patricia Toledano.
  3. Unidad de Virología, Centro de Educación Médica en Investigaciones Clínicas "CEMIC" (CABA): Marcela Echavarría.
  4. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. CONICET-UBA (CABA): Vanesa Seery, Federico Remes Lenicov, Horacio Salomón.
  5. Hospital Alemán (CABA): Eugenia Ibañez, María Paula Della Latta, Natalia García Allende.
  6. Laboratorio Swiss Medical Group (CABA): Silvia Vicario, Omar Sanchez, Darío Guevara.
  7. Laboratorio de Hospital El Cruce Dr. Néstor C. Kirchner (Florencio Varela, provincia de Buenos Aires): Martin Zubieta, Marilina Rahhal.
  8. Plataforma de Servicios Biotecnológicos, UTTIPP/PSB (Bernal, provincia de Buenos Aires): Alejandro Castello, Hernán Farina, Sandra Goñi, Georgina Cardama, Norailys Norailys Lorenzo, Humberto Lamdan, Marcelo Mandile, Alejandra Zinni, Gustavo Bada.
  9. Laboratorio del Hospital Interzonal General de Agudos "Evita" (Lanús, provincia de Buenos Aires): Isabel Desimone, Erica Luczak, Omar Grossi, Lorena Serrano, Alejandra Musto.
  10. Laboratorio del Hospital Interzonal General de Agudos "Eva Perón" (San Martín, provincia de Buenos Aires): Claudia Kairiyama, Graciela Radczuk, Mariana Carulla, Claudia Pengue, Carolina Piñeyro, Cecilia Corigliano y Santiago Rampulla.
  11. Hospital Pedro Fiorito (Avellaneda, provincia de Buenos Aires): Estela Susana Outon, Gabriela Garcia, Mariana Cicero, Martina Belluchi, Yamila Martin, Noelia D'alessandro, Valeria Burani, Liliana Gomez, Renata De matteo, Dariana Pedrozza.
  12. Laboratorio de genética y biología molecular Hospital de trauma y emergencia Dr Federico Abete (Malvinas Argentinas, provincia de Buenos Aires): Ivana Primost, Maria Inés Gallino.
  13. Instituto de Virología, INTA Castelar (Castelar, provincia de Buenos Aires): Ariel Pereda, Karina Trono.
  14. Laboratorio de Virologia - HIEAyC "San Juan de Dios" (La Plata, provincia de Buenos Aires): Regina Ercole, Martina Ferioli, Andrea Gatelli, Silvia Galvez, Maria Colmeiro, Karina Gil, Francisco Echeverria, Ramiro Agüero.
  15. Laboratorio de salud pública, Facultad de Ciencias Exactas, UNLP (La Plata, Provincia de Buenos Aires): Rosana Isabel Toro, Andrés Angelletti, Víctoria Cabassi, Victoria Nadalich, Andrés Cordero, Carina Tersigni, Laura Delaplace.
  16. Unidad de Diagnóstico COVID-19, Facultad de Ciencias Veterinarias-UNLP, Provincia de Buenos Aires: Carolina Gabriela Aspitia; Nadia Analía Fuentealba; María Emilia Bravi; Carlos Javier Panei; Marco Tizzano; Gastón Andrés Moré; Magdalena Rambeaud; Javier Origlia; Gabriela Rudd; Carlos Golijow. Juan Manuel Unzaga; Marcelo Italo Pecoraro.
  17. Laboratorio Vacunas Salud (VacSal) del Instituto de Biotecnología y Biología Molecular de la Facultad de Ciencias Exactas de la Universidad Nacional de La Plata-CONICET, Provincia de Buenos Aires: Nicolás Ambrosis; Pablo Martin Aispuro; Keila Belhart; Daniela Bottero; Magalí Gabrielli; Alejandra Giordano; Aníbal Lodeiro; Erika Rudi; Eugenia Zurita y Daniela Hozbor.
  18. Instituto Nacional de Epidemiología "Dr. Jara" (Mar del Plata, provincia de Buenos Aires): Irene Pagano, Osvaldo Uez, Carlos Jose Cimmino.
  19. Departamento de Biología y genética molecular, IACA Laboratorios (Bahía Blanca; provincia de Buenos Aires): Dra. Estefanía Tittarelli, Dr. Ariel Suárez, Edgardo Raul Streitenberger, María Verónica Masciovecchio.
  20. Laboratorio de Biología Molecular. Hospital Dr. Héctor Cura (Olavarría, provincia de Buenos Aires): Julieta Spina, Natalia Ghiano, María Belén Zaffanella, Rosario Turrina.
  21. Centro de Investigaciones Básicas y Aplicadas, UNNOBA (Junín, provincia de Buenos Aires): Dra. Carolina Cristina; Dra. Laura Alaniz; Dra. Virginia Pasquinelli; Dra. Laura Palumbo; Dra. Ina Sevic; Dr. Rodrigo Hernández del Pin; Dra. Fiorella Spinelli; Dra. Gianina Demarchi; Lic. Daiana Vitale; Lic. Antonella Icardi; Lic. Chiara Cassarini; Lic. Paolo Rosales; Lic. Sofia Perrone; Lic. Nadia Bonadeo; Lic. Sofia Valla; Lic. Agustina Chimento; Lic. Alejandro Moroni; Lic. Micaela Castro; Lic. Alejandra Fernández; Lic. Angela Barbero y Lic. Laureano Español; Est. Lorenzo Morro; Tc. Natalia Menite; Tc. Gastón Villafañe; Bioq. Lucía Romano; Dra. María Gracia Balbi; Dra. Alejandra Brandone y Dra. Natalí Bagnis.
  22. Laboratorio del Hospital Zonal Especializado Materno Infantil “Argentina Diego” (Azul, Provincia de Buenos Aires): Guillermina; María Belén Arpaia; Farinella Bagnozzi y Santiago Hernán Gauna.
  23. Laboratorio de Virología de la Facultad de Veterinaria de la Universidad Nacional del Centro de la provincia de Buenos Aires (UNCPBA):Dra. Guillermina Dolcini; Dra. Sandra Perez; Dra. Victoria Nieto Farias y Dra. Carolina Ceriani.
  24. Laboratorio Central de Neuquén, Ministerio de Salud (Neuquén, provincia de Neuquén): Grupo Dr. Pianciola, Dra. Mazzeo, Beatriz Carolina Pinto, María Cecilia Ziehm.
  25. Laboratorio Central Sección Virología. Hospital Regional Artemides Zatti (Viedma, provincia de Rio Negro): Darío Fabián di Prátula, Antonela De Fino
  26. Laboratorio MICROBIOM (General Roca, provincia de Río Negro): Silvana Cecchi.
  27. Hospital Zonal Dr. Ramón Carrillo (San Carlos De Bariloche, provincia de Río Negro): María Laura Álvarez, Yesica Espasandin, Patricia Valeria Blanco.
  28. MEDLAB Laboratorios (Puerto Madryn, provincia de Chubut): Mariana Useglio, Conrado Arbeletche, Cecilia Calderón.
  29. Laboratorio de Patologías Prevalentes y Epidemiología del Hospital de Trelew (Trelew, provincia de Chubut): Bqca. Diana Berry.
  30. Laboratorio de Salud Pública de Tierra del Fuego y Laboratorio de Hospital Regional (Ushuaia, provincia de Tierra del Fuego): Ivan Gramundi, Manuel M Boutureira, Gabriel A. Castro, Carina De Roccis.
  31. Laboratorio de la Dirección de Epidemiología de La Pampa (Santa Rosa, provincia de La Pampa): Claudia Rechimont, José Carlos Usero, Matías Villasana.
  32. Laboratorio Central (Santa Fe, provincia de Santa Fe): Carlos Pastor, Guillermo Ojeda, Gabriela Rompato, Viviana Mugna.
  33. Centro de Tecnología en Salud Pública, Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas (UNR, Santa Fe): Dra. Ana Laura Cavatorta; Bioq. Julián Acosta; Director: Bioq. Eduardo Codino.
  34. Laboratorio de Biología Molecular, Hospital-Escuela "Eva Perón" (Rosario, Santa Fe): Dra. Pamela Cribb, Dr. Esteban Serra; Directores: Bioq. Juan Rossi y Bioq. Eduardo Gregorini.
  35. Laboratorio de Análisis Clínicos, Sanatorio Adventista del Plata, Villa Gral San Martin, Entre Ríos: Gisela Dupertuis.
  36. Laboratorios Nanni (Paraná; Entre Ríos): Luisina Riera; Raúl Azcoaga.
  37. Laboratorio Central, Ministerio de Salud (Córdoba, provincia de Córdoba): Gabriela Barbas, Gonzalo Castro.
  38. Instituto de Virología “Dr.J.M.Vanella” Facultad de Ciencias Medicas - Universidad Nacional de Córdoba (provincia de Córdoba): Viviana Ré, María Belén Pisano.
  39. Inmunología del Hospital Perrando e Instituto de Medicina Regional de la UNNE (Resistencia, provincia de Chaco): María Delia Foussal, Gerardo Deluca, Natalia Andrea Ayala, María Verónica Gómez, Gustavo Giusiano, Horacio Lucero y Marcelo Marin.
  40. Laboratorio Central De Redes y Programas (Ministerio de Salud) (Corrientes, provincia de Corrientes): Natalia Ruiz Diaz, Gerardo Andino.
  41. Laboratorio de Salud Pública (San Miguel de Tucumán, provincia de Tucumán): Mariana B. Salmerón, Ana Maria Zamora, Gustavo Ruìz de Huidobro, Dardo E. Costas, Graciela Alabarse.
  42. Laboratorio Central de Salud Pública (San Salvador de Jujuy, provincia de Jujuy): Miguel Alejandro Charre, Ariel David Fridman, Claudia Mamani, Fabiana Vaca.
  43. Laboratorio Nuestra Señora de Fátima (Palpalá, Provincia de Jujuy): Liliana Beatriz Fellner, Bioq. Julián Ortega Tolay, Nilda Carolina Rodríguez, Marcelo Isidro Figueroa, Nicolás Arturo Trigo.
  44. Laboratorio de Virología Molecular – Hospital Blas L. Dubarry (Mercedes, BA): María Belén Mónaco, Sebastián Gabriel Zunino, José Jaramillo Ortiz, Carla Antonella Massone, Leandro García, Flavia Noelia Minutto, Gabriela Elena Zunino, Belén Ubaldo, Elizabeth Joyce Maleplate, Anna Belén Calloni, Departamento de Ciencias Básicas – Universidad Nacional de Luján (provincia de Buenos Aires): María Inés Gismondi.
  45. Laboratorio de Diagnóstico de la UNAHUR (Universidad de Hurlingham, Hurlingham, provincia de Buenos Aires): María José Dus Santos, Daniela Vega, Adriana Fernandez Souto, Marcela Pilloff, Marina Mozgovoj, Maria Natalia Calienni, Maria del C Lorenzo, Angélica María Ramirez Londoño, David Ybarra, Aldana Trotta, Pablo Raies, Juan Manuel Velazquez, Blanc Daiana Sofia, Cristina Belén Serrano, Brenda Gimeno, Sabrina Amalfi, Vanina Saraullo, Camila Frydman, Luis Castillo, Valeria Marsal, Didier Garnham Mercedes, Boero Carolina Jazmín, Germán Albornoz, Angel German Arias.
  46. Laboratorio de Biología Molecular Hospital Pedro de Elizalde (CABA): Javier Indart, Jaqueline Rocovich, Luciana Montoto Piazza, Gretel Wenk, María Eugenia Martín, María Florencia Sanchez, Paulina Marchetti, Franco Morandi, Maria Laura Sueiro, Aldana Claps, Laura Bressan, Federico José Torres, Julián Chamorro, Julieta Gondolessi, Marisa Lorena Gómez, Belen Carolina Diaz, Daiana Rosales, Florencia Alegre, Natalia Zamora, Emilce Osaba, Eugenia Paez.
  47. Laboratorio del Hospital Central (Ciudad de Mendoza, provincia de Mendoza): María Liliana Videla, Luciano Lima, Andrea Naser, Pablo Rico, Valeria Fontana, Héctor Horacio Cuello.
  48. Laboratorio del Hospital Notti (Ciudad de Mendoza, provincia de Mendoza): Sandra Grucci, Vanina Eibar, Noelia Cuglia, Adriana Recabarren, Daiana Lang, Clara Pott Godoy.
  49. Laboratorio de Salúd Pública (Ciudad de Mendoza, provincia de Mendoza): Silvia Zerrer, Belén Ortiz, Silvina Denita, Luciana Martinez, Cristian Garay, Fernando Giuliani.

Nodos de Secuenciación genómica de muestras por NGS

Son los centros donde se reciben las muestras biológicas y se secuencian los genomas virales. Utilizamos secuenciadores de Illumina (MiSeq y NextSeq) y de Oxford Nanopores Technologies (MinIon).

Laboratorio de Virología HNRG (CABA)

Secuenciador Illumina NextSeq y MinIon de Oxford Nanopores Technologies.
Equipo de trabajo: Laura Valinotto; Mariana Viegas; Mercedes Nabaes; Stephanie Goya; Mónica Natale; Silvina Lusso; Sofía Alexay; Dolores Acuña.

Biocódices (CABA)

Secuenciador Illumina MiSeq.
Equipo de trabajo: Hernan Dopazo, Jeremias Zubrzycki; Tatiana Itzcovich; Juan Manuel Berros.

IABIMO-INTA Castelar (Provincia de Buenos Aires)

Secuenciadores MiSeq de Illumina y MinIon de Oxford Nanopores Technologies.
Equipo de trabajo: Andrea Fabiana Puebla, Andrea Verónica Peralta, Marisa Diana Farber, Ana Julia Distéfano, Marianne Graziel Muñoz Hidalgo, Norma Paniego, Mónica Fass, Viviana Cecilia Pedroarias, Sebastián Asurmendi.

HRU, UNTDF y CADIC-CONICET (Provincia de Tierra del Fuego)

Secuenciador Illumina MiSeq.
Equipo de trabajo: Santiago Ceballos, Ivan Gramundi, Cristina Nardi, Fernando Gallego.

EEA Rafaela-INTA-CONICET (Provincia de Santa Fe)

Secuenciador MinIon de Oxford Nanopores Technologies.
Equipo de trabajo: María Florencia Eberhardt, Cecilia Camussone, Matías Irazoqui, Ariel Amadío.

Laboratorio Central de Neuquén (Ministerio de Salud) (Provincia de Neuquén)

Secuenciador Illumina MiSeq.
Equipo de trabajo: Melina Leonor Mazzeo, Luis Alfredo Pianciola.

IPAVE-CIAP-INTA (Provincia de Córdoba)

Secuenciador MinIon de Oxford Nanopores Technologies.
Equipo de trabajo: Franco Fernández, Humberto Debat, Nathalie Marquez.

Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática (LMBA), Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas (UNR) y Secretaría de Ciencia, Tecnología e Innovación de Santa Fe.

Secuenciador MinIon de Oxford Nanopores Technologies.
Equipo de trabajo: Silvia Arranz, Vanina Villanova, Victoria Posner, Elizabeth Tapia, Pilar Bulacio, Joaquín Ezpeleta, Ignacio García Labari, Javier Murillo, Flavio Spetale, Laura Angelone, Agustina Cerri.

Nodos de procesamiento bioinformático

Son los centros que reciben los datos generados en los centros de secuenciación, y donde se lleva a cabo un cuidadoso análisis informático para reconstruir las secuencias genómicas de SARS-CoV-2, registrar las variantes virales y detectar potenciales eventos genéticos como inserciones y deleciones nucleotídicas, entre otros.

Laboratorio de Virología HNRG (CABA)

Equipo de trabajo: Stephanie Goya.

IQUIBICEN e IC - CONICET y Facultad de Ciencias Exactas y Naturales (UBA) - Grupo Adrián Turjanski

Equipo de trabajo: Adrián Turjanski, Ezequiel Sosa, Jonathan Zaiat.

IABIMO-CICVyA-INTA-CONICET (Provincia de Buenos Aires)

Equipo de trabajo: Maximo Rivarola, Sergio Gonzalez, Paula del Carmen Fernández, Sofia Bengoa Luoni, Diego Zavallo, Marco Cacciabue, Laura Lozano Calderón.

Biocódices (CABA)

Equipo de trabajo: Hernán Dopazo, Jeremias Zubrzycki, Juan Manuel Berros

HRU, UNTDF y CADIC-CONICET (Provincia de Tierra del Fuego)

Equipo de trabajo: Santiago Ceballos, Ivan Gramundi.

EEA Rafaela-INTA-CONICET (Provincia de Santa Fe)

Equipo de trabajo: Ariel Amadio, Matías Irazoqui.

Instituto de Cálculo - CONICET y Facultad de Ciencias Exactas y Naturales (UBA) - Grupo Dario Fernández Do Porto

Equipo de trabajo: Darío Fernández Do Porto, Florencia Castello, Agustín Pardo, Federico Serral.

IQUIBICEN - CONICET y Facultad de Ciencias Exactas y Naturales (UBA) - Grupo Marcelo Martí

Equipo de trabajo: Marcelo Martí, Claudio Schuster.

Laboratorio Central de Neuquén (Ministerio de Salud) (Provincia de Neuquén)

Equipo de trabajo: Carolina Pintos.

Cátedra de Virología de Facultad de Farmacia y Bioquímica-UBA (CABA)

Equipo de trabajo: Andrés Culasso.

CIFASIS-CONICET/UNR y Facultad de Ciencias Exactas, Ingeniería y Agrimensura, UNR

Equipo de trabajo: Elizabeth Tapia.

Grupo de análisis de evolución molecular

Es el grupo que realizará los análisis evolutivos en base a las secuencias obtenidas bioinformáticamente.

Evolución molecular

Equipo de trabajo:

  • Laboratorio de Virología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez (CABA): Mariana Viegas, Stephanie Goya, Mercedes Nabaes.
  • Cátedra de Virología de Facultad de Farmacia y Bioquímica-UBA (CABA): Carolina Torres, Andrés Culasso, Laura Mojsiejczuk, María Dolores Blanco Fernandez, Débora Marcone, Viviana Mbayed, Rodolfo Campos, Lucia Vicenta Cavallaro.
  • Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus, UVEM. Hospital Garrahan (CABA): Paula Aulicino.
  • IABIMO-CICVyA-INTA-CONICET Evolución (CABA): Guido König, Laura Lozano Calderón.
  • FCEN-UBA / IQUIBICEN CONICET (CABA): Darío Do Porto, Agustín Pardo, Claudio Schuster.
  • HRU, UNTDF y CADIC-CONICET (Provincia de Tierra del Fuego): Santiago Ceballos, Iván Gramundi.
  • Laboratorio Central de Neuquén (Ministerio de Salud) (Provincia de Neuquén): Carolina Pintos
  • IPAVE-CIAP-INTA (Provincia de Córdoba): Humberto Debat.
  • IBR-CONICET/UNR y Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas, UNR: Adriana Giri.

Grupo de médicos epidemiólogos

Es el grupo que realizará los análisis epidemiológicos en base a los análisis previos.

Epidemiología

Equipo de trabajo:

  • Dirección Epidemiología HNRG (CABA): Angela Gentile, María Florencia Lución, María del Valle Juárez.
  • Laboratorio Central de Neuquén (Ministerio de Salud) (Provincia de Neuquén): María Cecilia Ziehm
  • Dirección epidemiología Rio Negro: Liliana Fonseca, Marcela Nóbile.
  • Dirección epidemiología La Pampa: Ana Gabriela Bertone.
  • Dirección de epidemiología Chaco: Antonieta Cayré, Laura Lescano.
  • Dirección de epidemiología Mendoza: Andrea Falaschi, Aguirre Carolina, Alberto Carena, Bosio Lia, Patricia Robledo, Maria Belen Peralta Roca. Coordinador Red de Laboratorios del Ministerio de Salud de la provincia de Mendoza: Carlos Espul.
  • Dirección de epidemiología Chubut: Teresa Estrella