Análisis filogenéticos y epidemiológicos
Realización de árboles filogenéticos y análisis de la variabilidad genética inter e intraespecífica para comprender el proceso evolutivo del virus y su propagación en Argentina.
Desarrollado por el Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2.
Financiado, a tráves del subsidio FONARSEC IP COVID-19 N° 247, por la Agencia Nacional de la Promoción de la
Investigación, el Desarrollo Tecnológico y la Innovación del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación, Argentina.
Como objetivo general proponemos analizar la trayectoria evolutiva de los virus del SARS-CoV-2 que circulan en Argentina para estudiar su origen y dispersión en el país, en el contexto mundial, como así también analizar las mutaciones que pudieran afectar el diagnóstico, la transmisión y la virulencia del virus.
Para ello realizaremos un muestreo en todo el país de aproximadamente 1000 genomas de SARS-CoV-2. Las muestras obtenidas serán secuenciadas por NGS para obtener sus secuencias genómicas, y así caracterizarlas y analizarlas desde varios enfoques.
Realización de árboles filogenéticos y análisis de la variabilidad genética inter e intraespecífica para comprender el proceso evolutivo del virus y su propagación en Argentina.
Muestreo de aproximadamente 1000 pacientes infectados con SARS-CoV-2 de diversos centros de salud de todo el país, tanto públicos como privados.
Secuenciación por Next Generation Sequencing (NGS) en múltiples laboratorios de las muestras obtenidas de toda la Argentina. Obtención del genoma viral presente en dichas muestras utilizando protocolos bioinformáticos propios.
Realizar la secuenciación del genoma completo de variantes de SARS-CoV2 que circulan en nuestro país a partir de muestras clínicas provenientes de centros de diagnóstico localizados en distintos puntos del país. Estas secuencias serán analizadas, primeramente a nivel local por el consorcio (etapas 2-5). También serán enviadas, mediante su reporte a la base de datos GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data), donde serán analizadas en tiempo real y formarán parte de un estudio a nivel global a cargo del grupo de Evolución viral de la Universidad de Edimburgo (Andrew Rambaut), y el proyecto Nextstrain (Real-time tracking of pathogen evolution).
Monitorear los cambios nucleotídicos y aminoacídicos de las variantes secuenciadas, especialmente en las regiones genéticas de importancia en:
el diagnóstico: análisis de sustituciones nucleotídicas que podrían impactar en la sensibilidad de los métodos de detección de ácidos nucleicos (RT-PCRs u otros en desarrollo) y monitoreo de sustituciones aminoacídicas con posible impacto en métodos de detección de antígenos virales (proteínas S, N u otra) o anticuerpos.
la respuesta al tratamiento: análisis de sustituciones aminoacídicas en genes que codifican para la polimerasa viral (RdRp), proteasas, exoribonucleasa (o cualquier otro gen blanco de acción de las drogas que se vayan a utilizar).
la adaptación al hospedador: análisis de sustituciones aminoacídicas en el dominio de unión al receptor (RBD) de la proteína S o en otras regiones genéticas de relevancia.
Identificar los linajes virales presentes en nuestro país que han ingresado a través de los pacientes con antecedente de viaje a zonas afectadas. También se buscarán otros puntos de ingreso de zonas no reportadas como riesgosas en el alerta inicial sistema de salud pero que lograron establecer clusters locales de transmisión (transmisión críptica). Mediante análisis filogeográficos discretos podrá estimarse el origen geográfico y temporal más probable de estos linajes y se los podrá relacionar a nivel global con los linajes que circulen en otros países.
En cuanto a la circulación viral autóctona sostenida proponemos evaluar los factores poblacionales y virales que pudieron asociarse con establecimiento de los clusters locales de transmisión, mediante análisis multivariados de asociación que integren información genética y datos epidemiológicos. Entre estos factores pudieran encontrarse mutaciones marcadoras de los virus establecidos en nuestro país.
Analizar la diseminación viral a través de análisis filogeográficos continuos, analizados por regiones geográficas, a fin de trazar mapas de dispersión viral en el tiempo.
Realizar estudios de correlación genómico-clínico en pacientes pediátricos y adultos con Covid-19 considerando grados de severidad, presentación clínica, entre otras cosas.