Búsqueda de posibles compuestos contra SARS-CoV-2

7 de julio de 2020.

A partir de las proteínas anotadas de SARS-CoV-2, disponibles en UniProt, se buscaron los dominios funcionales a través de HMMER utilizando como base de datos de referencia PFAM-A (Base de datos de dominios), los cuales se listan en la Tabla 1 en el Anexo.

Una vez obtenidos y corroborados, se utilizó, via SQL, una base de datos de bioensayos altamente curada (ChEMBL27) para obtener los posibles ligandos a los dominios utilizando una serie de filtros seleccionados a partir de documentos bibliográficos. Brevemente los filtros se enfocaron en encontrar aquellos compuestos que cumplieran los siguientes criterios:

• Que derivaran de un ensayo de interacción ligando-proteína (binding).
• Que la proteína blanco asociada al ligando tenga un alto nivel de curación manual.
• Que los valores de dosis-respuesta utilizados en la bibliografía sean mayores a un umbral para ser considerados activos (según unidades arbitrarias de ChEMBL).

Además, se incorporó la información de aquellos fármacos comerciales que cumplieran con los filtros arriba mencionados.

El resultado final, que se detalla en la Tabla 2ay Tabla 2b, fue la obtención de una serie de compuestos para dos de las proteínas de SARS-CoV-2, Nucleoprotein (sp|P0DTC9|NCAP_SARS2) y ORF1ab (sp|P0DTD1|R1AB_SARS2). En esta última, los compuestos hallados se aplican a todos sus dominios excepto para los dominios PF01661.22 (Macro domain), PF13086.7 (AAA domain) y PF01443.19 (Viral (Superfamily 1) RNA helicase)

Resultados obtenidos de filtrar los bioensayos (ChEMBL27) con los dominios

Anexo

Resultados devueltos por HMMER usando PFAM-A con las secuencias de UniProt