Reporte Nro 1 - Análisis inicial

Análisis de secuencias de SARS-CoV-2 obtenidas de pacientes con COVID-19 de Argentina

5 de mayo de 2020.

Se obtuvieron 26 secuencias de genoma completo de SARS-CoV-2 de Argentina. Entre estas secuencias se encuentran aquellas obtenidas de individuos con historial de viaje registrado, individuos que tuvieron contacto con individuos con COVID-19 e individuos que adquirieron la infección en la comunidad.

Con respecto a los análisis evolutivos, las secuencias del genoma de SARS-CoV-2 obtenidas a partir de individuos infectados de distintos países han sido clasificadas en dos linajes principales (denominado con letras A y B) y varios linajes internos (A1-A5 y sus subgrupos, o B1-B8 y sus subgrupos), de acuerdo con cambios nucleotídicos y su agrupamiento filogenético (Rambaut y col., 2020).

Mediante análisis filogenético se determinó que las secuencias obtenidas pertenecieron al linaje B.1, que es uno de los principales causantes de los brotes en Europa y América del Norte.

En conclusión, se observaron múltiples introducciones al país y la posible formación de clusters de transmisión local. El SARS-CoV-2 tanto de secuencias locales como mundiales presenta una velocidad de evolución relativamente lenta (acumulación de cambios genéticos en el tiempo). Sin embargo, dado el alto número de eventos de transmisión a nivel mundial, y la lenta pero progresiva transmisión local, es posible que, en corto tiempo, mediante el aumento en el número de secuencias locales y globales, pueda estudiarse más detalladamente el origen, la diversificación y el comportamiento evolutivo del virus. Cabe destacarse que los resultados de los análisis filogenéticos dependen tanto de las secuencias locales como de las secuencias incorporadas en las bases de datos, por lo que es necesaria una revisión periódica y el reanálisis continuo para aumentar la precisión en las estimaciones e inferencias.

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