Reporte Nro 2 - Patagonia
13 de julio de 2020
Reporte Nro 2 - Patagonia
13 de julio de 2020.
Este reporte muestra el trabajo realizado en el nodo de secuenciación más austral de nuestro Consorcio, conformado por el Centro Austral de Investigaciones Científicas (CADIC-CONICET), el Hospital Regional de Ushuaia y la Universidad Nacional de Tierra del Fuego (UNTDF) ubicados en la ciudad de Ushuaia, provincia de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur.
En esta etapa del trabajo se buscó cumplir con el primer objetivo propuesto en el proyecto PAIS, que es identificar los linajes virales presentes en nuestro país que han ingresado a través de los pacientes con antecedente de viaje a zonas afectadas e identificar el establecimiento de clusters de transmisión locales. Para ello el periodo de análisis en esta etapa corresponde a los primeros meses del brote en Argentina, marzo y abril, más tres casos de mayo de relevancia epidemiológica de Tierra del Fuego.
Se obtuvieron un total 57 secuencias de SARS-CoV-2 (profundidad promedio ~500X) provenientes de muestras clínicas de pacientes con la Covid-19 distribuidos en tres provincias de la Patagonia Argentina: 22 secuencias de Neuquén, 4 secuencias de Río Negro y 31 secuencias de Tierra del Fuego.
Realizamos diversos análisis con estas muestras, entre los que podemos mencionar la determinación de linajes presentes (Figura 1), la construcción de árboles filogenéticos (Figura 2), el estudio de mutaciones que podrían afectar el diagnóstico y el análisis de sustituciones no sinónimas en las proteínas codificadas en los genomas obtenidos.
Figura 1. Distribución de linajes encontrados en cada provincia
Figura 2. Árbol Filogenético de secuencias genómicas de SARS-CoV-2 provenientes de las Provincias de Neuquén, Río Negro y Tierra del Fuego, otras secuencias argentinas y referencias de linajes. El árbol filogenético fue creado mediante el programa IQ-TREE v2.0.6 e integrado con el mapa a partir de la librería de R, phytools. Cada secuencia está conectada por una línea coloreada respecto a su ciudad de procedencia (Cuadro derecho, "Mapa").
En la provincia de Tierra del Fuego se evidenció la presencia de cuatro linajes virales y al menos siete introducciones independientes del SARS-CoV-2. Se observaron algunos grupos que podrían indicar la formación de clusters de transmisión local y a su vez, cadenas de transmisión por fuera de los nexos epidemiológicos registrados, posiblemente indicativo de circulación comunitaria en el período estudiado. A su vez se detectaron casos aislados considerados importados que presentaron relación con los antecedentes de viaje a zonas afectas con circulación comunitaria establecida (referidos por los pacientes estudiados).
En la provincia de Neuquén se evidenció la presencia de cinco linajes virales y al menos diez introducciones independientes del SARS-CoV-2. Se observaron algunos grupos que podrían indicar la formación de clusters de transmisión local, algunos clusters epidemiológicos que podrían estar relacionados entre sí y a su vez casos aislados considerados importados que presentaron relación con los antecedentes de viaje a zonas afectas con circulación comunitaria establecida (referidos por los pacientes estudiados).
En la provincia de Río Negro se determinaron dos linajes y cuatro introducciones independientes del SARS-CoV-2 (sobre cuatro muestras analizadas). Asimismo, el estudio de los genomas virales permitió evidenciar la circulación viral entre dos ciudades cercanas, como Neuquén y Cipolleti, posiblemente debida a las intensas relaciones sociales, comerciales y laborales entre ellas.
En conclusión, en este informe se analizaron el 20% de los casos de la provincia de Tierra del Fuego (período comprendido entre el 04 de marzo y el 25 de mayo) y el 23% de los casos de la provincia de Neuquén (período comprendido entre el 10 de marzo y el 28 de abril). Durante este período se observaron múltiples introducciones en cada provincia y la posible formación de clusters de transmisión local en las distintas regiones. Sin embargo, si bien en algunos casos se observaron los mismos linajes entre las provincias o regiones patagónicas analizadas, éstos tendrían orígenes independientes y una evolución particular en cada región geográfica.