Reporte Nro 3 - CABA y Provincia de Buenos Aires
31 de julio de 2020

Reporte Nro 3 - CABA y Provincia de Buenos Aires

31 de julio de 2020.

En esta etapa del trabajo se buscó identificar el establecimiento de clusters de transmisión locales y su distribución con respecto a las distintas regiones tanto de CABA como de la Provincia de Buenos Aires, y la relación entre ambos distritos.

Para CABA, el periodo en estudio comprende desde la semana epidemiológica Nº17 hasta la semana epidemiológica Nº23 donde la circulación viral autóctona ya se encontraba en curso según el Boletín integrado de vigilancia Nº491 (Semana Epidemiológica Nº12) del Ministerio de Salud de la Nación Argentina. Mientras que para GBA, corresponde al periodo comprendido entre el 28 de marzo y el 12 de junio (SE 13 a SE 24).

Se obtuvieron un total de 183 y 122 secuencias de SARS-CoV-2 (profundidad promedio ~600X) provenientes de muestras clínicas de pacientes con la Covid-19 distribuidos en CABA y en Provincia de Buenos Aires respectivamente.

Realizamos diversos análisis con estas muestras, entre los que podemos mencionar la determinación de linajes presentes (Figura 1 y Figura 2), la construcción de árboles filogenéticos, el estudio de mutaciones que podrían afectar el diagnóstico y el análisis de sustituciones no sinónimas en las proteínas codificadas en los genomas obtenidos.

Figura 1. Distribución de linajes encontrados en CABA

Figura 2. Distribución de linajes encontrados en Provincia de Buenos Aires

En la CABA se observa presencia de al menos 6 linajes distintos de SARS-CoV-2, con predominancia de dos de ellos (B.1.3 y B.1.1.33). El muestreo intensivo en los Barrios P. Mujica y Padre Ricciardelli mostró una gran homogeneidad en las variantes virales, compatible con una alta transmisibilidad en zonas de conglomerado. Sin embargo, las variantes responsables de los brotes en cada uno de los barrios fueron diferentes (B.1.3 en el Barrio P. Mujica y B.1.1.33 en Barrio Padre Ricciardelli). Respecto de los análisis de estructuración geográfica, si bien un mismo linaje viral puede encontrarse simultáneamente en distintas regiones geográficas, el patrón general observado es la introducción viral y diversificación zonal restringida, más que la circulación irrestricta de los linajes entre las distintas zonas.

En la Provincia de Buenos Aires, el análisis mostró una marcada regionalización de los cluster genéticos encontrados, muchos de estos compatibles con circulación viral comunitaria sostenida restringida a zonas geográficas específicas (GBA-Norte, GBA-Oeste y GBA-Sur). Si bien en algunos casos se observó relación cercana entre secuencias de GBA y secuencias de la CABA, este patrón no fue el predominante. Los análisis realizados muestran evidencias de distintas introducciones de virus y su diversificación en zonas circunscritas, más que la circulación irrestricta entre las distintas zonas estudiadas. Inclusive en zonas con representación de linajes similares (como GBA sur y Gran La Plata), sus secuencias se asocian en “clusters” compartidos en baja proporción.

Este proceso de diversificación viral es compatible con las restricciones de circulación poblacional debido al ASPO, con movimiento de personas mayormente restringido a sus zonas de pertenencia.

En los próximos análisis de CABA y AMBA podrán contrastarse estos resultados con los que se obtengan al modificarse las implementaciones del ASPO ocurridas durante los meses de junio y julio, donde comenzó a producirse un movimiento de personas menos restringido entre zonas geográficas del AMBA, acompañado a un aumento progresivo del número de casos de la COVID-19.

Algunos de los genomas de SARS-CoV-2 estudiados presentaron cambios que podrían impactar en sus características biológicas o su diagnóstico molecular, incluyendo la capacidad de ser reconocidos por anticuerpos. Sin embargo, por el momento solo revisten como hallazgos de vigilancia epidemiológica molecular y será analizados en los siguientes períodos para estudiar su posible relevancia en nuestra población. Estos hallazgos y su relevancia merecen ser confirmados y estudiados en más detalle en estudios funcionales posteriores.

Finalmente, cabe destacar la potencialidad de los estudios conjuntos filogenéticos y epidemiológicos para el análisis de casos particulares de cadenas de transmisión viral, así como la importancia de mantener los estudios en el tiempo para dar continuidad al análisis del surgimiento, mantenimiento y desaparición de “clusters” y linajes.

Ver reporte completo CABA

Ver reporte completo Provincia Buenos Aires